Sekwenator NGS NextSeq 1000/2000

Sekwenator NGS NextSeq 1000/2000

Aparaty NextSeq 1000 i NextSeq 2000 to najnowsze w ofercie sekwenatory nowej generacji wykorzystujące technologię SBS – sequencing by sythesis. Zmodyfikowane płytki przepływowe (flow cell), usprawniony system optyczny oraz optymalizacja procesu sekwencjonowania w aparatach NextSeq 1000 oraz NextSeq 2000 umożliwiają wzrost przepustowości przy jednoczesnej redukcji kosztów sekwencjonowania.

Opis

Dzięki zastosowanym rozwiązaniom aparaty NextSeq 1000 oraz NextSeq 2000 będą w stanie sprostać rożnego rodzaju wyzwaniom i pozwolą na odkrywanie i zdobywanie nowej wiedzy w szybszy i łatwiejszy sposób. Elastyczność, szeroki zakres kompatybilnych aplikacji, łatwość użytkowania, wysoka jakość wyników i integracja z nowoczesną platformą do analizy danych to czynniki, które pozycjonują te urządzenia jako doskonały wybór dla laboratoriów szukających sprawdzonej technologii otwierającej drogę do przyszłości.
W sekwenatorach NextSeq 1000 oraz 2000 zastosowano zmodyfikowane płytki przepływowe (flow-cell) charakteryzujące się zwiększoną gęstością klastrów tworzonych podczas amplifikacji mostkowej. Poprzez dodatkowe usprawnienie systemu optycznego, proces obrazowania przebiega z jeszcze większą rozdzielczością i dokładnością zapewniając wysoką jakość otrzymywanych wyników. Kombinacja wspomnianych rozwiązań a także optymalizacja innych współczynników dotyczących np. jasności klastrów, redukcji tła ale również objętości w której odbywa się właściwa reakcja sekwencjonowania, dodatkowo niesie ze sobą pozytywny efekt w postaci obniżenia kosztów w przeliczeniu na 1Gb.
Obszary badań z wykorzystaniem sekwencjonowania następnej generacji mogą dotykać tematów związanych z onkologią, predyspozycjami do chorób genetycznych, genetyki populacyjnej, mikrobiologii itp. Każda z tych dziedzin charakteryzuje się innymi potrzebami w kontekście parametrów sekwencjonowania takimi jak: długość i liczba odczytów, średnie pokrycie na jedną próbkę zależne od poszukiwanych zmian genetycznych oraz wiele innych. Czynniki te determinują wybór konkretnego urządzenia, które sprosta obecnym wymogom przy zachowaniu optymalnych kosztów utrzymania i inwestycji.

NextSeq 1000 oraz NextSeq 2000 to urządzenia, które dzięki swojej użyteczności i elastyczności, stanowią doskonały wybór dla ośrodków o szerokim portfolio oferowanych badań. Pozwoli im to na sprostanie obecnym potrzebom i zagwarantuje realizację projektów, które mogą pojawić się w przyszłości, począwszy od sekwencjonowania exomów, po badanie RNA z pojedynczej komórki.
Odczytanie sekwencji interesujących nas regionów stanowi jeden z pośrednich etapów pełnej analizy. Aby wyciągać właściwe wnioski i weryfikować postawione hipotezy, potrzebujemy dodatkowych narzędzi. Gdy posiadamy duże doświadczenie w zakresie analizy danych i wypracowane ścieżki postępowania, sprawa wydaje się całkiem prosta. W sytuacjach zupełnie odmiennych, musimy posiłkować się sprawdzonymi, szybkimi i łatwymi w opanowaniu rozwiązaniami. Kierując się takimi przesłankami, sekwenatory NextSeq 1000 oraz 2000 zostały zintegrowane z wydajną i szybką platformą obliczeniową DRAGEN Bio-IT, która pozwala na drugo- i trzeciorzędową analizę zarówno na urządzeniu jak i z wykorzystaniem chmury. Do podstawowych analiz należą między innymi, konwersja plików BCL, mapowanie odczytów, przyrównanie do sekwencji referencyjnej, sortowanie, określanie stopnia duplikacji oraz oznaczania wariantów. W efekcie, użytkownicy otrzymują dostęp do kompleksowego narzędzia pozwalającego na sekwencjonowanie i interpretację między innymi wyników dla pełnych genomów, eksomów, transkryptomów, fuzji i ekspresji genów bez potrzeby dodatkowych inwestycji w zewnętrzne oprogramowania lub zaangażowania wyspecjalizowanych bioinformatyków.

Parametry techniczne

Zakres długości odczytu Odczynniki NextSeq 1000/2000 P2 * Odczynniki NextSeq 2000 P3 **
Wydajność na 1 flow cell (komórkę przepływową)
2 × 50 bp 40 Gb 100 Gb
2 × 100 bp 80 Gb 200 Gb
2 × 150 bp 120 Gb 300 Gb
Wskaźnik jakości Q-score
2 × 50 bp ≥ 85% zasad powyżej Q30
2 × 100 bp ≥ 80% zasad powyżej Q30
2 × 150 bp ≥ 75% zasad powyżej Q30
Czas odczytu
2 × 50 bp ~13 h ~19 h
2 × 100 bp ~21 h ~33 h
2 × 150 bp ~29 h ~48 h
  * Dostępne w połowie 2020 r.
** Dostępne pod koniec 2020 r.

Zastosowania Systemów NextSeq 1000 oraz NextSeq 2000

Zastosowanie Odczynniki NextSeq 1000/2000 P2 Odczynniki NextSeq 2000 P3
Liczba próbek Czas Liczba próbek Czas
Pełne sekwencjonowanie małych genomów (300 cykli)
genomy 130 Mb; pokrycie > 30×
30 ~29 h 75 ~48 h
Pełne sekwencjonowanie egzomów (200 cykli)
50× średnie pokrycie targetu; 90% targetu pokryte przy 20×
16 ~21 h 40 ~33 h
Sekwencjonowanie RNA pojedynczej komórki (100 cykli)
4000 komórek, 50 tys. odczytów/komórkę
2 ~13 h 5 ~19 h

Materiały

Powiązane produkty