Sekwenator NGS MiSeq

Opis

Sekwenator nowej generacji MiSeq to system biurkowy wykorzystujący technologię SBS – sequencing by sythesis. MiSeq integruje etapy amplifikacji, sekwencjonowania i analizy danych w jednym urządzeniu o niewielkich rozmiarach. Aparat wykonuje odczyty do 2 x 300 bp oraz generuje do 15 Gb produktu w trakcie jednego cyklu pracy. Prostota obsługi, wysoka dokładność odczytów oraz niska cena czynią tę platformę idealnym narzędziem do szybkiej i ekonomicznej analizy genetycznej. MiSeq umożliwia realizacje wielu aplikacji takich jak sekwencjonowanie celowane, metagenomika, sekwencjonowanie małych genomów, celowana ekspresja genów, sekwencjonowanie amplikonów, czy analiza HLA.

Uzyskane dane mogą być przetwarzane lokalnie na wbudowanym komputerze lub eksportowane i analizowane za pomocą szerokiego zestawu programów w środowisko rozproszonym BaseSpace. Aparat dostępny jest również w wersji przeznaczonej do diagnostyki medycznej – MiSeq Dx oraz wersji dedykowanej do genetyki sądowej Miseq FGx.

Przybliżony czas reakcji i wydajność (generowanie klastrów i sekwencjonowanie)

	MiSeq Reagent Kit v2				MiSeq Reagent Kit v3
Zakres długości odczytu	1 × 36 pz	2 × 25 pz	2 × 150 pz	2 × 250 pz	2 × 75 pz	2 × 300 pz
Czas trwania reakcji	~4 godz.	~5,5 godz.	~24 godz.	~39 godz.	~21 godz.	~56 godz.
Wydajność	540–610 Mb	750–850 Mb	4,5–5,1 Gb	7,5–8,5 Gb	3,3–3,8 Gb	13,2–15 Gb

	MiSeq Reagent Kit v2 Micro	MiSeq Reagent Kit v2 Nano
Zakres długości odczytu	1 × 150 pz	2 × 250 pz	2 × 150 pz
Czas trwania reakcji*	~19 godz.	~28 godz.	~17 godz.
Wydajność	1,2 Gb	500 Mb	300 Gb
* Czas trwania reakcji obejmuje generowanie klastrów, sekwencjonowanie oraz identyfikację nukleotydów z wykorzystaniem sekwenatora MiSeq z ustawionym odczytem dwustronnym.

Liczba przefiltrowanych odczytów

	MiSeq Reagent Kit v2	MiSeq Reagent Kit v3	MiSeq Reagent Kit v2 Micro	MiSeq Reagent Kit v2 Nano
Odczyty pojedyncze	12-15 milionów	22–25 milionów	4 milionów	1 milion
Odczyty sparowanych końców	24–30 milionów	44–50 milionów	8 milionów	2 miliony
* Podane wartości zostały określone dla biblioteki kontrolnej Illumina PhiX przy rekomendowanych gęstościach klastrów (865 – 965 k/mm2 klastrów przechodzących przez filtr dla chemii v2 oraz 1200 – 1400 k/mm2 klastrów przechodzących przez filtr dla chemii v3). Właściwy dobór parametrów może się różnić w zależności od rodzaju i jakości próbki oraz klastrów przechodzących przez filtr.

Jakość odczytów *

MiSeq Reagent Kit v2	MiSeq Reagent Kit v3
> 90% par zasad powyżej Q30 przy 1 × 36 pz	> 85% par zasad powyżej Q30 przy 2 × 75 pz
> 90% par zasad powyżej Q30 przy 2 × 25 pz	> 70% par zasad powyżej Q30 przy 2 × 300 pz
> 80% par zasad powyżej Q30 przy 2 × 150 pz
> 75% par zasad powyżej Q30 przy 2 × 250 pz
* Wskaźnik jakości Q-score określa prawdopodobieństwo wystąpienia błędu podczas identyfikacji nukleotydów. Procent par zasad > Q30 został uśredniony z całego odczytu.