Sekwenator NovaSeq 6000

System NovaSeq – nowa era w sekwencjonowaniu następnej generacji

Opis

System do sekwencjonowania NovaSeq firmy Illumina to urządzenie do sekwencjonowania w szerokim zakresie zastosowań. System NovaSeq 6000 zapewnia aplikacje z jeszcze wyższą wydajnością przy najniższych kosztach na próbkę. Seria NovaSeq zapewnia olbrzymią skalowalność i elastyczność, aby dostosować się do różnorodnych zastosowań i rozmiarów projektów przy jednoczesnym osiągnięciu maksymalnej wydajności. System wykorzystuje technologię sekwencjonowania przez syntezę (sequencing by synthesis – SBS) oraz technologię uporządkowanego wzoru flow cell. Umożliwia analizę jednej lub dwóch flow cell jednocześnie i wybór pomiędzy czterema rodzajami flow cell.

Seria NovaSeq jest kompatybilna z szerokim wachlarzem zestawów do przygotowania bibliotek Illumina, od sekwencjonowania transkryptów do sekwencjonowania całych genomów. Dzięki zwiększonej przepustowości i obniżonej cenie na próbkę, seria NovaSeq jest idealna do zastosowań wymagających analizy dużej ilości danych. Seria NovaSeq łączy cechy, które sprawiają, że sekwenatory stacjonarne są łatwe w obsłudze, zapewnia w pełni zautomatyzowane generowanie klastrów. Zintegrowane, gotowe do użycia wkłady odczynników usprawniają konfigurację i zapobiegają niewłaściwemu ładowaniu. Materiały eksploatacyjne kodowane przez RFID umożliwiają w pełni zautomatyzowaną identyfikację odczynników. W sumie potrzeba zaledwie kilku minut na uruchomienie systemu NovaSeq 6000, co zwiększa wydajność laboratorium.

Wydajność wg. zastosowanej Flow Cell

	NovaSeq 6000 System
Typ Flow Cell	SP *	S1	S2	S4
2 x 50 pz	65–80 Gb	134-167 Gb	333-417 Gb	ND **
2 x 100 pz	ND **	266-333 Gb	667-833 Gb	1600-2000 Gb
2 x 150 pz	200-250 Gb	400-500 Gb	1000-1250 Gb	2400-3000 Gb
2 x 250 pz	325-400 Gb	ND **	ND **	ND**
* Podane wartości zostały określone dla biblioteki kontrolnej Illumina PhiX przy rekomendowanych gęstościach klastrów. ** ND – nie dotyczy

Liczba przefiltrowanych odczytów wg. zastosowanej Flow Cell

	NovaSeq 6000 System
Typ Flow Cell	SP *	S1	S2	S4
Odczyty pojedyncze	600-800 milionów	1,3-1,6 miliarda	3,3-4,1 miliardów	8-10 miliardów
Odczyty sparowanych końców	1,3-1,6 miliarda	2,6-3,2 miliardy	6,6-8,2 miliardów	16-20 miliardów

Jakość odczytów * i czas reakcji **

	NovaSeq 6000 System
Typ Flow Cell	SP *	S1	S2	S4
Jakość odczytów
2 x 50 pz	≥ 85% par zasad powyżej Q30 przy 2 × 50 pz
2 x 100 pz	≥ 80% par zasad powyżej Q30 przy 2 × 100 pz
2 x 150 pz	≥ 75% par zasad powyżej Q30 przy 2 × 150 pz
2 x 250 pz	≥ 75% par zasad powyżej Q30 przy 2 × 250 pz
Czas reakcji
2 x 50 pz	~13 godz.	~13 godz.	~16 godz.	ND
2 x 100 pz	ND	~19 godz.	~25 godz.	~36 godz.
2 x 150 pz	~25 godz.	~25 godz.	~36 godz.	~44 godz.
2 x 250 pz	~38 godz.	ND	ND	ND
* Wskaźnik jakości Q-score określa prawdopodobieństwo wystąpienia błędu podczas identyfikacji nukleotydów. Procent par zasad > Q30 został uśredniony z całego odczytu. Przedstawione wartości Q-score zostały określone dla biblioteki kontrolnej Illumina PhiX z wykorzystaniem odczynników NovaSeq Reagent Kits i sekwenatora NovaSeq 6000. Dobór parametrów może się różnić w zależności od typu i jakości biblioteki, rozmiaru insertu, stężenia próbek i innych czynników ** Czas trwania reakcji obejmuje generację klastrów, sekwencjonowanie oraz identyfikację nukleotydów. Czas reakcji określono dla odczytów 2 flow cells tego samego typu; pomiar dwóch różnych flow cells zmienia czas reakcji.

Szacowana wydajność dla kluczowych aplikacji *

	NovaSeq 6000 System
Typ Flow Cell	SP *	S1	S2	S4
Ludzkie genomy/reakcja	~4	~8	~20	~48
Exomy/reakcja	~40	~80	~200	~500
Transkryptomy/reakcja	~32	~64	~164	~400
* Podane wartości są szacunkowe i zostały określone na podstawie podwójnego odczytu flow cell. Ludzkie genomy przyjmują >120 Gz danych w próbce, aby osiągnąć 30× pokrycie genomu. Exomy ok. 8 Gz/100×. Transkryptomy zakładają ≥50 mln odczytów. Wydajność może się różnić w zależności od użytego zestawu do przygotowania biblioteki.