Aparaty NextSeq 1000 i NextSeq 2000 to najnowsze w ofercie sekwenatory nowej generacji wykorzystujące technologię SBS – sequencing by sythesis. Zmodyfikowane płytki przepływowe (flow cell), usprawniony system optyczny oraz optymalizacja procesu sekwencjonowania w aparatach NextSeq 1000 oraz NextSeq 2000 umożliwiają wzrost przepustowości przy jednoczesnej redukcji kosztów sekwencjonowania.
Dzięki zastosowanym rozwiązaniom aparaty NextSeq 1000 oraz NextSeq 2000 będą w stanie sprostać rożnego rodzaju wyzwaniom i pozwolą na odkrywanie i zdobywanie nowej wiedzy w szybszy i łatwiejszy sposób. Elastyczność, szeroki zakres kompatybilnych aplikacji, łatwość użytkowania, wysoka jakość wyników i integracja z nowoczesną platformą do analizy danych to czynniki, które pozycjonują te urządzenia jako doskonały wybór dla laboratoriów szukających sprawdzonej technologii otwierającej drogę do przyszłości.
W sekwenatorach NextSeq 1000 oraz 2000 zastosowano zmodyfikowane płytki przepływowe (flow-cell) charakteryzujące się zwiększoną gęstością klastrów tworzonych podczas amplifikacji mostkowej. Poprzez dodatkowe usprawnienie systemu optycznego, proces obrazowania przebiega z jeszcze większą rozdzielczością i dokładnością zapewniając wysoką jakość otrzymywanych wyników. Kombinacja wspomnianych rozwiązań a także optymalizacja innych współczynników dotyczących np. jasności klastrów, redukcji tła ale również objętości w której odbywa się właściwa reakcja sekwencjonowania, dodatkowo niesie ze sobą pozytywny efekt w postaci obniżenia kosztów w przeliczeniu na 1Gb.
Obszary badań z wykorzystaniem sekwencjonowania następnej generacji mogą dotykać tematów związanych z onkologią, predyspozycjami do chorób genetycznych, genetyki populacyjnej, mikrobiologii itp. Każda z tych dziedzin charakteryzuje się innymi potrzebami w kontekście parametrów sekwencjonowania takimi jak: długość i liczba odczytów, średnie pokrycie na jedną próbkę zależne od poszukiwanych zmian genetycznych oraz wiele innych. Czynniki te determinują wybór konkretnego urządzenia, które sprosta obecnym wymogom przy zachowaniu optymalnych kosztów utrzymania i inwestycji.
NextSeq 1000 oraz NextSeq 2000 to urządzenia, które dzięki swojej użyteczności i elastyczności, stanowią doskonały wybór dla ośrodków o szerokim portfolio oferowanych badań. Pozwoli im to na sprostanie obecnym potrzebom i zagwarantuje realizację projektów, które mogą pojawić się w przyszłości, począwszy od sekwencjonowania exomów, po badanie RNA z pojedynczej komórki.
Odczytanie sekwencji interesujących nas regionów stanowi jeden z pośrednich etapów pełnej analizy. Aby wyciągać właściwe wnioski i weryfikować postawione hipotezy, potrzebujemy dodatkowych narzędzi. Gdy posiadamy duże doświadczenie w zakresie analizy danych i wypracowane ścieżki postępowania, sprawa wydaje się całkiem prosta. W sytuacjach zupełnie odmiennych, musimy posiłkować się sprawdzonymi, szybkimi i łatwymi w opanowaniu rozwiązaniami. Kierując się takimi przesłankami, sekwenatory NextSeq 1000 oraz 2000 zostały zintegrowane z wydajną i szybką platformą obliczeniową DRAGEN Bio-IT, która pozwala na drugo- i trzeciorzędową analizę zarówno na urządzeniu jak i z wykorzystaniem chmury. Do podstawowych analiz należą między innymi, konwersja plików BCL, mapowanie odczytów, przyrównanie do sekwencji referencyjnej, sortowanie, określanie stopnia duplikacji oraz oznaczania wariantów. W efekcie, użytkownicy otrzymują dostęp do kompleksowego narzędzia pozwalającego na sekwencjonowanie i interpretację między innymi wyników dla pełnych genomów, eksomów, transkryptomów, fuzji i ekspresji genów bez potrzeby dodatkowych inwestycji w zewnętrzne oprogramowania lub zaangażowania wyspecjalizowanych bioinformatyków.
Zakres długości odczytu | Odczynniki NextSeq 1000/2000 P2 * | Odczynniki NextSeq 2000 P3 ** |
---|---|---|
Wydajność na 1 flow cell (komórkę przepływową) | ||
2 × 50 bp | 40 Gb | 100 Gb |
2 × 100 bp | 80 Gb | 200 Gb |
2 × 150 bp | 120 Gb | 300 Gb |
Wskaźnik jakości Q-score | ||
2 × 50 bp | ≥ 85% zasad powyżej Q30 | |
2 × 100 bp | ≥ 80% zasad powyżej Q30 | |
2 × 150 bp | ≥ 75% zasad powyżej Q30 | |
Czas odczytu | ||
2 × 50 bp | ~13 h | ~19 h |
2 × 100 bp | ~21 h | ~33 h |
2 × 150 bp | ~29 h | ~48 h |
* Dostępne w połowie 2020 r. ** Dostępne pod koniec 2020 r. |
Zastosowanie | Odczynniki NextSeq 1000/2000 P2 | Odczynniki NextSeq 2000 P3 | ||
---|---|---|---|---|
Liczba próbek | Czas | Liczba próbek | Czas | |
Pełne sekwencjonowanie małych genomów (300 cykli) genomy 130 Mb; pokrycie > 30× |
30 | ~29 h | 75 | ~48 h |
Pełne sekwencjonowanie egzomów (200 cykli) 50× średnie pokrycie targetu; 90% targetu pokryte przy 20× |
16 | ~21 h | 40 | ~33 h |
Sekwencjonowanie RNA pojedynczej komórki (100 cykli) 4000 komórek, 50 tys. odczytów/komórkę |
2 | ~13 h | 5 | ~19 h |
Necessary cookies are absolutely essential for the website to function properly. This category only includes cookies that ensures basic functionalities and security features of the website. These cookies do not store any personal information.
Any cookies that may not be particularly necessary for the website to function and is used specifically to collect user personal data via analytics, ads, other embedded contents are termed as non-necessary cookies. It is mandatory to procure user consent prior to running these cookies on your website.