Aparaty NextSeq 1000 i NextSeq 2000 to najnowsze w ofercie sekwenatory nowej generacji wykorzystujące technologię SBS – sequencing by sythesis. Zmodyfikowane płytki przepływowe (flow cell), usprawniony system optyczny oraz optymalizacja procesu sekwencjonowania w aparatach NextSeq 1000 oraz NextSeq 2000 umożliwiają wzrost przepustowości przy jednoczesnej redukcji kosztów sekwencjonowania.
Dzięki zastosowanym rozwiązaniom aparaty NextSeq 1000 oraz NextSeq 2000 będą w stanie sprostać rożnego rodzaju wyzwaniom i pozwolą na odkrywanie i zdobywanie nowej wiedzy w szybszy i łatwiejszy sposób. Elastyczność, szeroki zakres kompatybilnych aplikacji, łatwość użytkowania, wysoka jakość wyników i integracja z nowoczesną platformą do analizy danych to czynniki, które pozycjonują te urządzenia jako doskonały wybór dla laboratoriów szukających sprawdzonej technologii otwierającej drogę do przyszłości.
W sekwenatorach NextSeq 1000 oraz 2000 zastosowano zmodyfikowane płytki przepływowe (flow-cell) charakteryzujące się zwiększoną gęstością klastrów tworzonych podczas amplifikacji mostkowej. Poprzez dodatkowe usprawnienie systemu optycznego, proces obrazowania przebiega z jeszcze większą rozdzielczością i dokładnością zapewniając wysoką jakość otrzymywanych wyników. Kombinacja wspomnianych rozwiązań a także optymalizacja innych współczynników dotyczących np. jasności klastrów, redukcji tła ale również objętości w której odbywa się właściwa reakcja sekwencjonowania, dodatkowo niesie ze sobą pozytywny efekt w postaci obniżenia kosztów w przeliczeniu na 1Gb.
Obszary badań z wykorzystaniem sekwencjonowania następnej generacji mogą dotykać tematów związanych z onkologią, predyspozycjami do chorób genetycznych, genetyki populacyjnej, mikrobiologii itp. Każda z tych dziedzin charakteryzuje się innymi potrzebami w kontekście parametrów sekwencjonowania takimi jak: długość i liczba odczytów, średnie pokrycie na jedną próbkę zależne od poszukiwanych zmian genetycznych oraz wiele innych. Czynniki te determinują wybór konkretnego urządzenia, które sprosta obecnym wymogom przy zachowaniu optymalnych kosztów utrzymania i inwestycji.
NextSeq 1000 oraz NextSeq 2000 to urządzenia, które dzięki swojej użyteczności i elastyczności, stanowią doskonały wybór dla ośrodków o szerokim portfolio oferowanych badań. Pozwoli im to na sprostanie obecnym potrzebom i zagwarantuje realizację projektów, które mogą pojawić się w przyszłości, począwszy od sekwencjonowania exomów, po badanie RNA z pojedynczej komórki.
Odczytanie sekwencji interesujących nas regionów stanowi jeden z pośrednich etapów pełnej analizy. Aby wyciągać właściwe wnioski i weryfikować postawione hipotezy, potrzebujemy dodatkowych narzędzi. Gdy posiadamy duże doświadczenie w zakresie analizy danych i wypracowane ścieżki postępowania, sprawa wydaje się całkiem prosta. W sytuacjach zupełnie odmiennych, musimy posiłkować się sprawdzonymi, szybkimi i łatwymi w opanowaniu rozwiązaniami. Kierując się takimi przesłankami, sekwenatory NextSeq 1000 oraz 2000 zostały zintegrowane z wydajną i szybką platformą obliczeniową DRAGEN Bio-IT, która pozwala na drugo- i trzeciorzędową analizę zarówno na urządzeniu jak i z wykorzystaniem chmury. Do podstawowych analiz należą między innymi, konwersja plików BCL, mapowanie odczytów, przyrównanie do sekwencji referencyjnej, sortowanie, określanie stopnia duplikacji oraz oznaczania wariantów. W efekcie, użytkownicy otrzymują dostęp do kompleksowego narzędzia pozwalającego na sekwencjonowanie i interpretację między innymi wyników dla pełnych genomów, eksomów, transkryptomów, fuzji i ekspresji genów bez potrzeby dodatkowych inwestycji w zewnętrzne oprogramowania lub zaangażowania wyspecjalizowanych bioinformatyków.
Zakres długości odczytu | Odczynniki NextSeq 1000/2000 P2 * | Odczynniki NextSeq 2000 P3 ** |
---|---|---|
Wydajność na 1 flow cell (komórkę przepływową) | ||
2 × 50 bp | 40 Gb | 100 Gb |
2 × 100 bp | 80 Gb | 200 Gb |
2 × 150 bp | 120 Gb | 300 Gb |
Wskaźnik jakości Q-score | ||
2 × 50 bp | ≥ 85% zasad powyżej Q30 | |
2 × 100 bp | ≥ 80% zasad powyżej Q30 | |
2 × 150 bp | ≥ 75% zasad powyżej Q30 | |
Czas odczytu | ||
2 × 50 bp | ~13 h | ~19 h |
2 × 100 bp | ~21 h | ~33 h |
2 × 150 bp | ~29 h | ~48 h |
* Dostępne w połowie 2020 r. ** Dostępne pod koniec 2020 r. |
Zastosowanie | Odczynniki NextSeq 1000/2000 P2 | Odczynniki NextSeq 2000 P3 | ||
---|---|---|---|---|
Liczba próbek | Czas | Liczba próbek | Czas | |
Pełne sekwencjonowanie małych genomów (300 cykli) genomy 130 Mb; pokrycie > 30× |
30 | ~29 h | 75 | ~48 h |
Pełne sekwencjonowanie egzomów (200 cykli) 50× średnie pokrycie targetu; 90% targetu pokryte przy 20× |
16 | ~21 h | 40 | ~33 h |
Sekwencjonowanie RNA pojedynczej komórki (100 cykli) 4000 komórek, 50 tys. odczytów/komórkę |
2 | ~13 h | 5 | ~19 h |