Sekwenator NGS NextSeq 550

Opis

NextSeq 550 jest biurkowym sekwenatorem nowej generacji wysokiej przepustowości wykorzystującym technologie SBS – sequencing by sythesis. Dodatkowo urządzenie posiada możliwość skanowania mikromacierzy. Ten w pełni automatyczny system integruje etapy amplifikacji oraz sekwencjonowania, co eliminuje konieczność zastosowania dodatkowych urządzeń. W trakcie jednego cyklu pracy aparat generuje do 39 Gb produktu w trybie średniej przepustowości oraz aż do 120 Gb produktu w trybie wysokiej przepustowości.

Wyjątkowa prostota obsługi, dwa tryby pracy, wysoka wydajność oraz dokładność czynią NextSeq 550 idealna platforma do realizacji bardzo szerokiego zakresu aplikacji przy zachowaniu kosztów na niskim poziomie. System umożliwia m.in. sekwencjonowanie całych genomów, egzomów, transkryptomów, badanie ekspresji genów oraz wykorzystanie paneli celowanych. Uzyskane dane moga byc przetwarzane na lokalnym komputerze lub eksportowane i analizowane za pomocą szerokiego zestawu programów w środowisko rozproszonym BaseSpace.

Przybliżony czas reakcji (generowanie klastrów i sekwencjonowanie)

	NextSeq 550 System High-Output Kit*			NextSeq 550 System Mid-Output Kit*
Zakres długości odczytu	2 × 150 pz	2 × 75 pz	1 × 75 pz	2 × 150 pz	2 × 75 pz
Czas trwania reakcji **	~29 godz.	~18 godz.	~11 godz.	~26 godz.	~15 godz.
Wydajność	100-120 Gb	50-60 Gb	25-30 Gb	32,5-39 Gb	16,25-19,5 Gb
* Podane wartości zostały określone dla biblioteki kontrolnej Illumina PhiX przy rekomendowanych gęstościach klastrów (129 – 165 k/mm2 klastrów przechodzących przez filtr). Właściwy dobór parametrów może się różnić w zależności od typu próbki, jakości próbki oraz klastrów przechodzących przez filtr. Wszystkie zestawy NextSeq 550 są kompatybilne do pracy w trybie sparowanych końców (ang. paired-end). ** Czas trwania reakcji obejmuje generowanie klastrów, sekwencjonowanie oraz identyfikację nukleotydów z wykorzystaniem sekwenatora NextSeq z ustawionym odczytem dwustronnym.

Liczba przefiltrowanych odczytów

	NextSeq 550 System High-Output Kit	NextSeq 550 System Mid-Output Kit
Odczyty pojedyncze	do 400 milionów	do 130 milionów
Odczyty sparowanych końców	do 800 milionów	do 260 milionów

Jakość odczytów *

NextSeq 550 System High-Output Kit	NextSeq 550 System Mid-Output Kit
> 75% par zasad powyżej Q30 przy 2 × 150 pz	> 75% par zasad powyżej Q30 przy 2 × 150 pz
> 80% par zasad powyżej Q30 przy 2 × 75 pz	> 80% par zasad powyżej Q30 przy 2 × 75 pz
> 80% par zasad powyżej Q30 przy 1 × 75 pz
* Wskaźnik jakości Q-score określa prawdopodobieństwo wystąpienia błędu podczas identyfikacji nukleotydów. Procent par zasad > Q30 został uśredniony z całego odczytu.

Parametry sekwencjonowania w systemie NextSeq 550

NextSeq 550 System High-Output Kit	NextSeq 550 System Mid-Output Kit
1 cały genom ludzki	3 eksomy
12 eksomów	12 paneli enrichment
16 transkryptomów	96 paneli amplikonów

Parametry skanowania macierzy w systemie NextSeq 550

Macierz	Czas skanowania BeadChip	Czas skanownia 1 próby
Infinium MethylationEPIC BeadChip	40 minut	5 minut
Infinium CytoSNP-850K BeadChip	40 minut	5 minut
HumanCytoSNP-12 BeadChip	40 minut	3,3 minuty
Infinium HumanKaryomap-12 BeadChip	40 minut	3,3 minuty